Vanwege de strategische plek van dit fort, verdedigde het al in de 17de eeuw de sluis tussen de 's-Gravenlandsevaart en de Vecht. Deze sluis diende voor het scheepvaartverkeer en de inundatie van het land tussen de Vecht en vesting Naarden. Het fort Uitermeer was zowel een onderdeel van de Oude als de Nieuwe Hollandse Waterlinie. Het torenfort werd in 1845 gebouwd en in 1885 werd de locatie uitgebreid met schuilplaatsen voor kanonnen. In 1913 werd het complex toegevoegd aan de Stelling van Amsterdam. Fort Uitermeer verdedigde de toegang door het inundatiegebied van de Stelling van Amsterdam gevormd door de spoorweg Amsterdam-Hilversum en de ’s-Gravenlandsevaart. In de jaren vijftig werd het terrein ingericht als opslagplaats voor Defensie. Getracht werd het torenfort op te blazen en de meeste remises uit 1885 werden afgebroken. Hiervoor in de plaats kwamen magazijngebouwen. Nadat het in onbruik is geraakt als defensiedepot is Fort Uitermeer uiteindelijk in handen van de provincie Noord-Holland gekomen, die het terrein in 2009 heeft overgedragen aan Stichting UiteraardUitermeer.